2.1野生植物
　　2.1.1植物区系
　　九连山自然保护区植物区系的主要特点:
　　(1)区系成分丰富　区内已查明的高等植物区297科、1112属、2796种（含种以下单位，下同）约占江西省高等植物科、属、种的84.3%、65.6%和54.4%。中国高等植物约470科、3700属、30000种（傅立国　1992），九连山自然保护区的高等植物约占全国高等植物约占全国高等植物科数62.7%，属数29.7%，种数9.3%。其中：苔藓植物66科137属287种；蕨类植物41科86属188种，裸子植物8科11属15种，人工引种16种，共31种；被子植物180科866属2290种（其中引种65种）详见表1-3。
　　表1-3江西九连山自然保护区高等植物统计表

　　保护区内已查明的真菌有24科139种，其中大型真菌有23科124种。
历年来，在保护区范围考察采集而发现的植物新种有6种，江西分布新记录有32种。其中1999年以来调查中发现的江西分布新记录有21种。
　　（2）地理成分复杂　九连山自然保护区植物区系地理成分复杂，姚振生（2001）按照吴征镒（1991）的中国种子植物的分布区类型系统，对九连山自然保护区的种子植物进行分析指出，保护区的889属种子植物分属14个分布区类型及19个变型，缺“中亚类型”。保护区植物区系丰富，已查明种子植物196科889属2321种（含种以下单位，下同），其中裸子植物10科23属31种、单子叶植物30科187属423种、双子植物150科679属1867种。区系组成中，草本植物1167种，乔木和灌木960种，藤本植物186种。
陈拥军（2001）对九连山保护区的蕨类植物分析指出，保护区的41科86属188种蕨类植物分属于泛热带分布、东亚分布、中国特有分布和世界广布等8个分布区类型。其中以东亚分布种最多，共计93种，占总种数50.27%。属的分布区类型中热带分布属有58属，占绝大多数；温带分布属仅6属。
　　（3）过渡性　九连山自然保护区位于赣粤边境南岭山脉东段的中心位置，处于“中亚热带湿润常绿阔叶林地带”与“南亚热带季风常绿阔叶林地带”的过渡区，植物区系属于华南植物区系的北缘，是泛热带亚洲植物区系与温带植物区系过渡的交江汇地带。由于包含九连山在内的南岭山地植物区系具有明显过渡性质，著名植物生态学家林英提出应设立“与华中植物省及华南植物省并列的南岭山地植物省”（林英1965）。而九连山保护区由于保存了较大面积的原生性植被，保存有丰富的物种，而成为该“植物省”的典型代表。
　　（4）古老性　南岭脉地质历史古老，从新生界第三纪以来，由于未受到大陆冰川的直接侵袭，一直处于相对稳定的温暖湿润的气候条件之下。因此，位于南岭腹地的九连山自然保护区，不仅植物种类丰富，而且还保存有大量的在植物系统中处于原始阶段的古老物种、子遗植物与活化石植物。蕨类植物在植物系统发育过程中是最原始的维管束植物类群。九连山保护区已查明的蕨类植物有188种，约占江西省种类43.3%。起源于古生代石炭纪的桫椤科（Cyatheaceae）植物的所有种类均被列为国家Ⅱ级重点保护植物，九连保护区分布有成片的粗齿桫椤Ｇymnosphaera hancockii。粗齿桫椤目前在江西省仅见于九连山保护区。
　　起源于中生代白垩纪的南方红豆杉Taxus mairei 、竹柏Podocarpus nagi 起源于中生代的三尖杉Cephalotaxus　fortunei等在九连山保护不仅有残存的古树，而且天然更新良好。在核心区还有起源于古生代石炭纪的银杏古树和南方红豆杉古树组成罕见的古树群落。裸子植物中的藤本植物小叶买麻藤Gnetum　pauuifolium和罗浮买麻藤G. lofuense，目前，植物学界对其在植物系统发育的地位，尚无法确定。
被子植物中木兰科Magnoliaceae 、樟科Lauraceae、壳斗科Fcgaceae等都是中生代白垩纪以前就出现。其中木兰科最古老。南方天然林中木兰科植物种属的多寡和种群数量的大小，可作为该林分原生性和自然度的判别依据之一（叶居新　2001）。江西省木兰科有6个属，九连山保护区木兰科植物有5属19种，而且木莲属Manglietia 、含笑属Michelia和木兰属M angolia的树木在九连山森林中是重要的组成成分。
　　（5）中国特有的植物多　中国种子植物特有属257属，江西省分布有50属，九连山保护区分布有19属42种，如杉林Cunninghamia　lanceolata、大血藤Sargentodoxa cuneata、地构叶Speranskia cantonensis、杜仲Eucommia ulmoides 、樟叶槭Acer cinnamomifolium、喜树Camptotheca、广东紫珠Callicarpa kwangtungensis、广东大青Cleroden-drum kwangtungense、青钱柳Cyclocarya　paliurus、毛药花Bostrychantera deflea、出蕊四轮香Hanceola exserta、四棱Schnabelia oligophylla、观光木Tsoongiodendron odorum、伯乐树Bretschneidera sinensis、半枫荷Senukuquidambar cathayensis等。
　　（6）珍稀植物种类多　属于1999年颁布的《国家重点保护野生植物名录》（第一批）的有21种（不含引种栽培种），占江西省分布的国家重点保护野生植物种类38.2%，如南方红豆杉、伯乐树、粗齿桫椤、金毛狗Cibotium barometz、苦Gmelina hainanensis、喜树、半枫荷、花榈木Ormosia henryi、闽楠Phoebe bournei、楠木Phoebe nanum、鹅掌楸Lirio-dendron　chinense、樟树Cinnamomum camphora等。
属于《中国植物红皮书》（第一册）的种类有24种（不含人工引种栽增种），占江西省种类46.45%。其中属2级保护的有福建柏Fokienia hodginsii、鹅掌楸Lirio-dendron　chinense、、杜仲Eucommia ulmoides、伯乐树、观光木Tsoongiodendron odorum、伞花木Eu-rycorymbus　caualeriei等10种；3级保护的有油Ketelleeria　fortunei、长苞铁杉Tsuga　lon-gibracteata、白桂木Artocarpus hypargyraea、银钟花Halesia macgregorii、短萼黄连Coptischinensis var.breusepala等15种。
属江西省省级重点保护植物有77种，占全省总数47.2%，如东方古柯Erythroxylum　kunthianum、江南油杉Ketelleeria　cyclolepis、木莲Manglietia　fordiana、乳源木莲M.yuyanensis等。
属于《野生动植物濒危物种国际贸易公约》名录的有金毛狗、粗齿桫椤等68种，兰科（Orchidaceae）植物所有的野手种都是《野生动植物濒危物种国际贸易公约》的保护范围，大多属于珍稀植物。九连山已查明的兰科植物有60种，占全省58.3%其中兰属Cymbidi-um有7种，如建兰C.ensifolium、蕙兰C.faberi、寒兰C.kanran、春兰C.goeringii 、多花兰C.floribundum、兔耳兰C.lancifumt 和墨兰C.sinense等；石斛属Dendrobium有钩状石斛D.aduncum、黑节草D.candidu、重唇石斛D.hercoglossum和石斛D.nobile等。
　　2.1.2主要植被类型
　　九连山植物区系成分丰富多彩，植被类型丰富多样，从海拔1000m以上的山地到海拔280m的盆地，都有种不同的植被类型分布，其区系组成都迥然不同。主要的植被类型有常绿阔叶林、针叶林、竹林、山顶矮林、灌林草丛以及湿地植被。可分为26个群系55个群丛或群落，说见表1-4。